Trägerin der Greifswalder Bachwoche ist die Evangelisch-Lutherische Kirche in Norddeutschland in Kooperation mit der Universität Greifswald sowie im Zusammenwirken mit dem Land Mecklenburg-Vorpommern, der Universitäts- und Hansestadt Greifswald und dem Pommerschen Evangelischen Kirchenkreis als Unterstützer.

Die Greifswalder Bachwoche arbeitet zusammen mit den Kirchengemeinden St. Jacobi, St. Marien und St. Nikolai Greifswald, der Gesellschaft zur Förderung der Greifswalder Bachwoche e.V. und weiteren Partnern.